与暗印人的战斗过了半年，连接卫星区和都市区的桥梁“代达洛斯桥”完成，彼此之间的界线终于消失了。全市建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，并开发了“激速世界2”以取代以前的“激速世界”。然而，新的威胁已悄然来临，来自未来并持有强力怪兽·机皇帝的“伊利亚斯特尔”，企图毁灭新童实野市并改变历史。为了阻止他

游星等人终于发现，原来幸运杯是葛德温为了集合龙印者，并使他们的力量觉醒所举办的。另一方面在卫星区，一群名为“暗印人”的决斗者已经蠢蠢欲动，这正与游星和杰克两人在进行决斗时所看到的蜘蛛印记有关。暗印人能够展开令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用名为“黑暗同調”的新战法召唤出独特的黑暗同調怪兽，

本作以武藤游戏所在的DM时代数十年后的童实野市为舞台。这个时代的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，骑乘着摩托型决斗盘“D轮”进行的“骑乘决斗（Riding Duel）”十分流行。在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活的不

南春香（佐藤利奈 配音）是一个外表出色个性优秀的完美学生。在学校里，性格开朗温和的她是许多人爱慕的对象，饱坂（小野大辅 配音）就是其中的一员。学校里流传着许多和春香有关的传说，她更是以“第一代首领”的名号著称。在妹妹南夏奈（井上麻里奈 配音）和南千秋（茅原实里 配音）的眼中，春香是一个母亲般的存在。

　　故事发生在御伽学园里，大神凉子（伊藤静 配音）是一个身材娇小但个性十分凶悍的傲娇少女。在学园中，有一个名为御伽学园学生互助协会的神秘组织，而大神正是其中的一员。此外，还有患有视线恐惧症的跟踪狂森野亮士（入野自由 配音），外表可爱内心腹黑至极的赤井林檎（伊藤加奈惠 配音），异装癖患者桐木李斯特（野