突然，受到从时空门出现的敌人袭击的宝太郎及其同伴们。被迫陷入苦战之中，察觉到敌人从未来传送过来…！为了守护现在与未来，宝太郎与凛音穿越时空前往荒废的未来。在那里的是昔日从困境中拯救宝太郎等人，掌握着故事的关键，“20年后的宝太郎”，假面骑士歌查德黎明骑士的身姿。

　　寻找101体〈Chemi〉！　　新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！　　【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！　　101张卡片进行形态变换！？　　高中生・一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。　　围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！

"本作围绕着高中生的日常生活，讲述了在“炼金术”盛行的时代中，青年人们为了守护正义、追逐梦想，而勇敢对抗邪恶势力的故事。炼金术本来指的是尝试从普通金属中提炼黄金的技术，随着科技发展，炼金术士们尝试将人类的肉体和精神作为对象，加以熔炼。汇集这种炼金术的精华而创造出来的，就是完全的人工生命体，